Храм Святого Илии пророка по преданию был построен в память успешной битвы с татарами, которые грозили юной Москве разорением, и что эта битва произошла 20 июля (2 августа н.ст.) в день памяти Св. пророка Илии, близ Воронцова, где сходились дороги на Москву из Коломны и Владимира. Года этой битвы история не сохранила, но из летописного сказания известно, что в 1476 г. храм Св. Илии пророка уже стоял в Воронцове, а местность называлась Ильинской слободой. По мнению историков, во времена владения этой местностью Воронцовыми, старцы Андроникова монастыря основали возле Ильинской церкви скит, который позже стал монастырем. Монастырь этот значится на карте Москвы 1389 г.
Великий Князь Иван III выменял у Андроникова монастыря эту местность. Здесь он построил себе загородный дворец, который очень любил и подолгу проживал в нем порой до поздней осени. В это время храм становится придворным. События Смутного времени и освобождение Москвы от поляков были тесно связаны с храмом Илии пророка. В храме молились ополченцы, освобождавшие Москву. Возле стен храма был убит глава ополчения думный дворянин Прокопий Ляпунов и боярин Иоанн Ржевский, которые были похоронены у стен храма. В храм из Нижнего Новгорода была принесена икона Казанской Божией Матери, от которой совершались многие чудеса. Икона пребывала в храме до постройки Казанского Собора на Красной площади, после в храме был оставлен ее список.